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Das graphisch relationale Format (grf) ist das Format des aocr Werkzeuges. Der Übersetzer pdb2grf erlaubt Ihnen, das aocr Werkzeuge mit Ihren Molekeln in pdb Format zu benutzen.

Die Liste der Argumente besteht aus den Dateien mit den (organischen) Verbindungen in pdb Format. Das Programm schreibt auf stdout Daten in grf Format, welche die Verbindungen in den Dateien enthalten. Mit dem Umleitungssymbol > können die Daten in eine Datei gespeichert werden.

Die erhaltene Datei ist bereit, mit dem graphischen Formeleditor des aocr Werkzeuges angezeigt und verarbeitet sowie als Anfangs- oder Zielverbindungen für das Berechungsprogramm verwendet zu werden.

Der Übersetzer verteilt die Formeln der Verbindungen aus der Liste der Argumente in ein Gitter:
und multipliziert die Koordinaten mit einem Faktor mf. Die Parameter senkrechter Rand vb, waagrechter Ursprung ho, senkrechter Ursprung vo, waagrechter Abstand hd, senkrechter Abstand vd, Multiplikator mf können dem Übersetzer durch die Datei .grf im gleichen Verzeichnis wie das ausfürbare pdb2grf gegeben werden. Die Datei hat folgende Form:

# So viele Zeilen
# mit # beginnend
# wie erwünscht. Keine leere Zeilen.
Vertical border: 100
Horizontal origin: 200
Vertical origin: 200
Horizontal distance: 400
Vertical distance: 200
Multiplicator: 50

Sollte .grf nicht existieren oder die Parameter nicht lesbar sein, dann werden die folgende default Werte gebraucht:

Vertical border: 50

Horizontal origin: 100

Vertical origin: 100

Horizontal distance: 200

Vertical distance: 200

Multiplicator: 30

Wenn die Datei mit dem Graphischen Formeleditor geöffnet wird, kann die redraw Eigenschaft verwendet werden, um eine bessere graphische Darstellung der Formeln zu erhalten. Einige manuelle Änderungen könnten ebenfalls notwendig sein.

Diese Version des Übersetzers ignoriert die Ladungen und die Radikalen in den pdb Dateien. Sie müssen von Hand hinzugefügt werden, wenn die Datei editiert wird.

Das für dieses Programm geeignete pdb Format ist unter pdbguide 2.2 in der rscb web Seite beschrieben. Die "CONECT" Zeilen sind für die Erhaltung der Bindungen notwendig.

Kostenloses Download des Übesetzers PDB zu graphisch relationalem Format:

Ausführbares Programm für Microsoft Windows.

Ausführbares Programm für Sun Solaris Sparc (gzip komprimiert).

Die C-Quellcode Dateien , scanAtom-2.c, symbolValue-1.c, setParam-2.c, die mit den Optionen -o pdb2grf -lm kompiliert werden können.